Le soutien de FranceAgriMer pour la filière Fruits et légumes est de plusieurs ordres : il porte aussi bien sur des aides financières que sur un appui structurel ou organisationnel de la filière.
FranceAgriMer accompagne des programmes de promotion et de publicité réalisés par les différentes interprofessions et les associations d’organisations de producteurs nationales par produits (AOP nationales). L’établissement soutient ainsi les campagnes génériques conduites par les interprofessions nationales, tant sur le marché national que sur les marchés export.
FranceAgriMer accompagne également les interprofessions dans les actions de communication de crise mises en place en cas de difficultés économiques importantes du secteur, ainsi que pour les programmes de promotion communautaires.
Le Réseau des nouvelles des marchés (ex-SNM, Service des nouvelles des marchés), piloté par FranceAgriMer, produit et diffuse les cotations et informations de conjoncture des produits frais périssables aux différents stades de leur commercialisation. Ce suivi permet de qualifier les situations de crise et de mettre en place les dispositifs de gestion de crise appropriés, mentionnés au Code rural.
FranceAgriMer accompagne également l’achat de panels ou la réalisation d’études économiques permettant d’éclairer tant les professionnels que les pouvoirs publics sur la situation de la filière et les décisions à prendre.
En 2012, FranceAgriMer a remis les conclusions d'une étude prospective menée sur le devenir de la filière en concertation avec des chercheurs et des professionnels. Cette étude prend en compte divers critères tels que la place des fruits et légumes dans l'alimentation des français, l'évolution de la PAC et ses conséquences, etc. Elle est destinée à éclairer la réflexion stratégique de la filière.
FranceAgriMer accompagne la recherche dans la filière. En ce qui concerne les fruits et légumes frais, c’est le Comité stratégique de l’expérimentation, rattaché au Conseil spécialisé fruits et légumes de FranceAgriMer créé en 2010, qui élabore la stratégie globale pluriannuelle de recherche et encadre la programmation technique des actions à mettre en œuvre. 900 000 euros ont été consacrés à des projets d'expérimentation en 2012.